Stetoskoobi desinfitseerimise sagedus sõltub kasutusstsenaariumist ja keskkonnast:
Tavalistes ambulatoorsetes osakondades, kui stetoskoopi kasutatakse ainult tavapatsientide jaoks ja ilmset saastumist ei esine, on soovitatav seda desinfitseerida 1-2 korda nädalas.
Osakondades, nagu pediaatria ja hingamisteede osakonnad, mis puutuvad kergesti kokku nakkusetekitajatega, või eripiirkondades, nagu nakkushaiguste osakonnad ja intensiivravi osakonnad, tuleks pärast iga kasutuskorda desinfitseerida.
Kui stetoskoopi kasutavad lühikese aja jooksul mitu erinevat patsienti, on kõige parem see pärast iga kasutuskorda desinfitseerida, isegi kui intervall on lühike.
